Il museo sorge nel luogo dove il 6 settembre 1944, giorno della Liberazione della città, ventinove partigiani vennero presi dai tedeschi e impiccati nel centro del paese. Il percorso museale è concepito come un viaggio attraverso un campo di lavoro e sterminio nazista. In particolare si vuol ricordare la vicenda degli operai pratesi deportati nei lager di Mauthausen e di Ebensee in Austria. Fra gli oggetti esposti, alcuni sono originali e donati alla città dall'Associazione degli ex deportati, altri sono stati ricostruiti per iniziativa dei pochi superstiti. Gli oggetti sono accompagnati da didascalie e frasi tratte da testimonianze di ex deportati. Completano il percorso fotografie e filmati. Lo spazio espositivo ospita mostre temporanee.
Il Centro di documentazione è dotato di uno spazio riservato a incontri e conferenze, dispone di una biblioteca e videoteca, di uno spazio riservato alla consultazione del materiale contenuto nel Centro e di postazioni pc.