Selon la tradition, la première église de Carmignano, dédiée à Saint Michel, fut construite aux environs de l'an Mille et était située sous la Rocca. L'église actuelle se trouve, depuis 1782, à l'endroit qu'occupait l'ancienne église de S. Francesco (XIV^ème siècle), dont on peut encore voir des traces dans le mur gauche à l'extérieur de l'édifice. Endommagée pendant la deuxième guerre mondiale, l'église a subi, juste après la guerre, une restauration qui a toutefois éliminé plusieurs structures prestigieuses des XVII^ème - XVIII^ème siècles. A la façade à double pente s'adosse un portique à cinq arcades, soutenues par des colonnes de style toscan. L'intérieur présente une vaste nef couverte d'une charpente en bois. L'œuvre la plus célèbre qu'elle conserve est la Visitation de Pontormo, admirable témoignage du début du maniérisme florentin, peinte entre 1528 et 1530, commissionnée par la famille Pinadori et dont la position actuelle est la même depuis 1740. L'église abrite également des fresques détachées datant du XV^ème siècle ainsi que d'intéressants tableaux des XV^ème - XVII^ème siècles.

La Visitation de Pontormo
L'élégance formelle extrême, le chromatisme raffiné, le goût sage de composition font de ce tableau un des plus grands chefs-d'œuvre de Jacopo Carucci, connu sous le nom Pontormo, qui est né à Pontorme (Empoli) en 1494. La Visitation représente la rencontre entre Marie et Elizabeth qui, enveloppés dans de larges capes, semblent comme levés sur la pointe des pieds. Les alternances chromatiques sages, le cangiantisme et les effets du clair-obscur font ressortir la draperie enflée. Les deux figures imposantes sont «dupliquées» par deux autres figures féminines, vues de face, avec un regard immobile et absent, témoins de l'événement prodigieux.
A gauche de la peinture sont représentés deux autres petites figures, peut-être Saint Joseph et San Zaccaria. La Visitation est une de ces œuvres rares et irremplaçable dans la carrière d'un artiste, et qu'ils sont destinés à laisser une marque profonde dans l'histoire, ainsi que dans le collectif.